若干手抜き気味なので、皆さん修正してください。
厳密にいうと、UNIX（大文字）とは標準化団体であるThe Open Groupに認証を受けたOSのことを指します。例えばLinuxなんかはこの認証を受けてないので、UNIXではありません。ですが、Linuxに代表されるように、UNIXと同等の機能を持ったOSはたくさんあります。こういうOSをUnix-likeなんて言ったりしますが、以下ここからは単にUnixと言ったらUnix-likeなOSを指すことにします。近頃最も一般に普及しているUNIXはMac OS Xかな。
何と言っても、ハッカーのためのOS。C言語はUNIXのために書かれた言語ですし、EmacsやVimなどハッカーの人気を博しているエディタもUnix出身。開発環境のインストールも、Windowsに比べると楽勝です。そもそも、WindowsやMac OSの登場以前は、OSといえばUnixだったので、現在のコンピュータの様々な慣習はUnixの下で育まれてきました。
まずは、ハードウェアの対応が若干貧弱な点。Linuxなんかだと大体のPCにインストールして普通に使えますが、たまにプロジェクタでうまく表示できなかったりとか、無線LANの感度が弱かったりとか、そのあたりはWindowsやMacに劣ってるのは否めません。
次に、ソフトウェアの問題。Unixには歴史もありますし、優秀なフリーウェアは多いですが、対応する商用ソフトは少ないです。例えばMicrosoft Officeは使えない（代用のOpen Officeがあるけど）。それから、PCゲームは大抵ダメ。人によっては、Windowsの優秀なフリーウェアが使えなくて困るケースもあるかも。WineなるWindows用アプリケーションを動作させるソフトウェアはありますが、重いし、対応は完全ではないです。
たしかに以前はそういうイメージはありましたが、現在ではそんなことはありません。WindowsやMac OSと操作の面ではほとんど変わらないレベルに達していると思います。現に、夕張市なんかではコスト削減のためにLinuxの一種であるUbuntuを一般職員が使用している模様。
Unix-Like OSの一種です。Linus Torvalsによって開発されたフリーのOS。しかし、基本ソフトはGNUと呼ばれるプロジェクトによって作成されているので、GNU/Linuxと呼ばれることも。現在Mac OS Xに次いで普及しているUnix。
通常Linuxを配布する際は、OSのLinuxだけではなく、様々なアプリケーションを付属しています。簡単に言えば、その組み合わせ。最近の一番人気はUbuntuというディストリビューションで、初心者にも非常に導入しやすいです。
喜ぶのだ、Mac OS XはUNIXです！やるべきことは、Mac PortsやFinkなどのパッケージ管理システムを導入し、Unixの歴史溢れるフリーウェアをインストールすること、以上！
Linuxを使ってみたい人はWindowsユーザのための記述を読んでね。
現在Unixの中で一番ユーザフレンドリーなのはUbuntuだと思います。なので、まずはここからダウンロードしてみよう！
http://www.ubuntulinux.jp/News/ubuntu1010-desktop-ja-remix
PCのパフォーマンスが十分で、かつあんまり構成をいじりたくない場合にはこれで試してみるのがいいかも。
VirtualBoxとは仮想マシンです。VirtualBoxの中から先のisoを選択して起動すると、Ubuntuが使えます。
VirtualBoxのダウンロードはこちらから。
先のisoをCDに焼いてみよう。そうするとLive CDの完成です。これをドライブに入れて起動、「インストール」ではなく「Ubuntuを起動」を選べば、Ubuntuを試してみることはできます。が、データの保存をできないのがちょっと不便。
さすがにデータの保存ができないのは不便なので、たまにしか使わない人はUSBメモリにUbuntuを全部入れてみるのもいいかも。ここを参照。
https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/UsbInstall/CreateUSBStartupDisk
本格的に使いたいから実際にHDDにインストールしてみたい、でもパーティション切るとか怖いって人はこれ。
ここからWubiをダウンロードして、Windows上から実行するだけ。アンインストールも「アプリケーションの追加と削除」からできるのでお手軽。
そんなあなたは、Live CDから直接インストールしよう！たぶん、これ以上の説明は不要でしょう。
そういう用途なら、OSを新たに入れるのではなく、Cygwinというプロジェクトがあります。
ここのページの"Install or update Cygwin now!"からCygwinをダウンロード。そうするとWindowsからUnixのアプリケーションを使えますが、やや重いし、いくらか小回りが効かない印象はあります。
UbuntuなどのいわゆるDebian系と呼ばれるディストリビューションにはapt、CentOSなどのRed Hat系にはyumという、「パッケージ管理システム」とよばれるソフトウェアがインストールされています。例えばUbuntuでrubyをインストールしたい場合、Synapticパッケージ・マネージャもしくはUbuntuソフトウェアセンターを立ち上げて、rubyを検索、チェックを入れるだけでインストールできます。メジャーどころのフリーウェアは、大体ここを調べるだけで簡単にインストールできます。Cygwinのsetup.exeも同様です。
マイナーなソフトウェア、あるいはプリンタドライバなど、パッケージマネージャで見つからないものをインストールしたい場合、配布サイトでDebian系なら.debファイル／Red Hat系なら.rpmファイルが手に入るなら、それをダウンロードしましょう。ダブルクリックするだけでインストールできるはずです。.tar.gzとか.tar.bz2とかしか見つからなければ「野良ビルド」を参照。
こうやってインストールしたソフトウェアをアンインストールするときも、パッケージ管理システムからできます。簡単ですね。
なお、今紹介したような環境では、基本的にアプリケーションはコンパイル済みのバイナリをダウンロードすることになります。一方、BSD系のUnix（Free BSDなど）ではPorts、Mac OS XではFinkもしくはMac Portsというパッケージ管理システムを使うことになりますが、こちらは必要に応じてソースを勝手にダウンロード、コンパイルしてくれるというシステムです。従って、多少の時間はかかりますし、.debや.rpmのようなファイルもありません。
あと、パッケージ管理システムに入ってくるソフトウェアは必ずしも最新版とは限らないので、新しいもの好きの野郎どもは競って野良ビルドだ！
アプリケーションの配布形式が.tar.gzとか.tar.bz2とかしか見つからなかったときは、「野良ビルド」とよばれる最終手段を取ることになります。要するに、そのファイルはソースコードが詰まった圧縮ファイルなので、自分でコンパイルしろってことです。
まずは適当なフォルダに圧縮ファイルを移して、解凍しましょう。.tar.gzならターミナルから
tar xzf hoge.tar.gz
.tar.bz2なら
tar xjf hoge.tar.bz2
を実行します。
次に、できたフォルダの中に入ります。READMEなどがあればちゃんと読むこと。多くの場合は、中にconfigureというファイルがあります。これが、インストールの前段階の設定 を行うスクリプトです。
./configure
を実行すると、画面に色々出ます。エラーとかが出て止まった場合は、指示に従いましょう。多くの場合は必要なライブラリをインストールしてないせいです。そういうわけで、入れろと怒られたライブラリがパッケージ管理システムにあればインストールすればいいし（大抵後ろに-devがつくライブラリが必要です）、なければソースを探してきてドミノ式に野良ビルドすることになります。
無事に./configureが成功したら、次はコンパイルです。普通は
make
とだけ打てば良いです。というか、./configureが失敗してたら、これを打ったときに怒られます。大きいアプリケーションならここでかなり時間がかかります。
コンパイルも無事に成功したら、できた実行ファイルを然るべき場所（普通は/usr/local/binなど）にコピーします。これは管理者権限が必要なので、
sudo make install
と打ちましょう。管理者権限がない人は、./configureに--PREFIXなど適当なオプションを与えてインストール場所を変更することになりますが、それに関しては割愛。
以上がつつがなく終わればインストール成功です。
ちなみに、アンインストールしたいときは、解凍したフォルダに戻って
sudo make uninstall
と打ってみましょう。良心的なプログラムなら、これでアンインストールできるはずです。もしこれでできなかったら……インストールの際にコピーしたファイルを自力で探して削除するしかないですねえ。こういう自体を防ぐためにcheckinstallといったアプリケーションもありますが、ここでは割愛します。